仙剑系列不单是一代人的记忆，更是中国游戏史上的里程碑之作，《仙剑OL》承其精髓，更在原有基础上添加了在线游戏必不可少的副本玩法。
原作中的战斗是随着剧情展开而进行的，在《仙剑OL》中，除了任务打怪之外，还会根据玩家等级的提升不断开启新的副本，让玩家体验更多玩法并获得大量奖励和材料。基于手游“耗时短、体验强、乐趣多”的原则，《仙剑OL》的副本系统从“进入副本”这一环节起便开始进行贴心设计，不需要玩家逐个记住副本的入口，只需打开活动菜单—选择需要完成的副本，便能直接传送进副本中开始探索。
《仙剑OL》拥有智能的打怪系统，懒人玩家可以在进入副本后便甩手做其他事情，只需等自动挑战完成后选择随机奖励即可，通关的奖励根据角色等级、副本难度、副本类型等决定。而在高难度副本及多人组队副本中，玩家则需要根据情况适时地切换手动操作，利用合理的走位和技能搭配克敌制胜，避免出现灭团的情况。值得一提的是，在选择副本的界面中，会有挑战该副本的推荐战力提示，玩家可根据自身情况选择自动探索或手动操作。
大多数副本是以剧情为背景开启的，玩家在重温经典的同时，还可以通过不断挑战副本来提升和养成角色，获取各种资源，还能以此结交更多志同道合的朋友。
《仙剑OL》除了剧情副本外，还有活动副本，活动副本又分为日常副本与限时副本等，活动副本有固定的开启时间和特定条件，玩法比日常副本更多样化，奖励也较日常副本更丰富些，最重要的是，《仙剑OL》的其他副本并非是独立于主线之外存在的，而是与历代仙剑系列剧情有关，玩家在探索的过程中不但能享受游戏的乐趣，获得丰富的强化材料，还能重温经典剧情。
日常副本首推的是“画妖封印”，该副本分为简单、困难以及噩梦模式，玩家可以根据自身的战斗力合理选择副本难度，进入画妖封印副本后，在限时内击败变身的画妖即可获得相关仙剑人物画像，击杀副本小怪会掉落墨宝，收集一定数量的墨宝则可合成指定画像，收集不同的仙剑人物画像提供升角色不同属性的成长。
另一个比较有意思的日常副本是“降妖谱”， 该副本的主要产出为圣品首饰碎片、装备碎片以及大量经验。降妖谱一共有六个副本，解锁新副本的条件是达到该副本对应解锁等级并通关过前一个副本，副本中与首领战斗时若满足一定条件，则可触发隐藏剧情，玩家将看到新的首领和剧情，根据玩家的通关情况，系统会予以评级，每消灭一波首领会得到一个葫芦的评价， 获得两个葫芦以上则可拿到额外经验奖励，获得三个葫芦评价则为完美通关，开启该副本的扫荡模式。
副本是一个游戏的重要玩法，《仙剑OL》在设计上没有为了战斗而强行开启副本的尴尬，而是非常巧妙、合理地利用了仙剑系列本身的剧情，在原有基础上进行改动和优化，让仙剑迷们不会有违和感。
